Inizia i suoi studi di danza all'età di 14 anni presso la Scuola di Ballo del Teatro dell'Opera di Roma e dopo soli quattro anni entra a far parte del Corpo di Ballo dell'Ente in qualità di solista prima e di étoile attualmente.
In questi anni diventa molto popolare in Italia anche grazie alle sue numerose apparizioni televisive in programmi di grande ascolto quali Fantastico 2, Il cappello sulle ventitré, Al Paradise, Pronto chi gioca, Europa Europa.

Come étoile ospite balla con svariate compagnie quali: London Festival Ballet, Ballet Theatre Francais de Nancy, Opera di Zurigo, Ballet Concerto de Puerto Rico, Teatro alla Scala di Milano, Teatro San Carlo di Napoli.
Dal 1988 inoltre ha partecipato ogni anno al Gran Galà di Stelle in Canada.

Raffaele dimostra di possedere capacità recitative e musicali interpretando i musical.
Nella stagione '95 -'96 è stato protagonista dei musical Un Americano a Parigi con Rossana Casale e, con l'Opera di Roma in una creazione di Mauro Bigonzetti ispirata a "Cenerentola".

Nelle stagioni 1996/97 e 97/98 è protagonista del musical Cantando sotto la pioggia della Compagnia della Rancia con la regia di Saverio Marconi e nella stagione '98/99 del musical Sette spose per sette fratelli, sempre con la regia di Saverio Marconi.

Nel 2000 è in tournée con la seconda edizione di "Sette spose per sette fratelli", con Momenti di Tango e Carmen con le coreografie di Luigi Martelletta e le musiche di Astor Piazzola. Sempre nel 2000 debutta come protagonista nel nuovo musical di Saverio Marconi Dance!

Il 2004 lo vede protagonista della nuova produzione del Balletto di Roma Giulietta e Romeo, con musiche originali di Prokofiev e coreografie di Monteverde. Il tour teatrale fa registrare l'invidiabile record del tutto esaurito nelle 190 repliche in 104 dei maggiori teatri italiani.

Nel 2006 Raffaele Paganini, il ballerino più amato dagli italiani, ma soprattutto il più visto con ogni suo spettacolo e unico etoile italiano realmente titolato a fregiarsi di tale riconoscimento, decide di fondare la Compagnia Nazionale di Raffaele Paganini e presenta, per la prima volta, una sua produzione: Da Tango a Sirtaki - omaggio a Zorba - con musiche di Astor Piazzola e coreografie di Luigi Martelletta.
Il tour si protrarrà poi fino a fine aprile 2007 e sono già confermati 115 spettacoli nei maggiori teatri italiani.

Tra i numerosi riconoscimenti e premi ricordiamo:
Premio Bordighera, Premio Postano, Gonfalone d'Oro, Ulivo d'Argento, Premio Giovannini, Premio Cecchetti, Premio Platea d'Estate, Premio Gino Tani.