Nasce a Milano il 5 giugno 1957.
Nel 1972, a 15 anni, fonda il suo primo gruppo, gli Josafat, che nel 1974 si trasformano in Champagne Molotov. Nel 1977 dalla fusione degli Champagne Molotov e la band Trifoglio, nascono i Decibel, con cui incide nel 1978 il primo album Decibel. Dopo il singolo Indigestione disko, il successo arriva con la partecipazione a Sanremo con il brano Contessa e l'album Vivo da re, la cui title-track prenderà parte al Festivalbar di quell'anno.  

Nel 1981 Enrico Ruggeri intraprende la propria carriera solista e pubblica l'album Champagne Molotov. In questo periodo Ruggeri lavora anche come autore di alcuni cantanti pop come Diana Est, DenHarrow, JockHattle, AlbertOne.

È del 1983 l’album Polvere e la single-track omonima si piazza al secondo posto al Festivalbar di quell’anno. Il brano Il mare d'inverno è portato al successo da Loredana Bertè, e lo impone come autore di eccellenza, aprendo gli orizzonti artistici di Ruggeri verso il genere cantautorale, pur senza rinnegare la matrice rock. Nel 1984 Ruggeri torna al Festival di Sanremo con il brano Nuovo Swing. Segue l'album Presente che è anche in gara nel Festivalbar. Nella stessa edizione sanremese, produce il gruppo emergente dei Canton, scrivendo per loro Sonnambulismo.

Tra il 1985-1986 pubblica tre lavori nel giro di diciotto mesi: Tutto scorre, il mini LP Difesa francese ed Enrico VIII. Al Festival di Sanremo 1986 ottiene il premio della critica per Rien ne va plus. Ruggeri diventa anche uno degli autori più ricercati da numerose interpreti femminili, tra cui le più accreditate sono Fiorella Mannoia e LoredanaBertè. Nel 1987 si ripresenta a Sanremo con Gianni Morandi e UmbertoTozzi (sodalizio nato nell'ambito del progetto benefico della Nazionale Italiana Cantanti) con il brano Si può dare di più che vince la manifestazione. Segue la tournée di cui resterà testimonianza nel doppio live Vai Rouge!. Sempre in quell'anno è premio della critica a Sanremo Quello che le donne non dicono cantata da Fiorella Mannoia. Nel 1988 realizza l'album La parola ai testimoni. L'anno seguente, è la volta di Contatti che contiene il brano Il funambolo scritta insieme a Riccardo Cocciante.

Nel 1990, esce l'album Il falco e il gabbiano. Segue, l'anno dopo, il suo album di maggior successo, Peter Pan: 400.000 copie vendute in pochi mesi.

Nel 1993 Ruggeri conquista per la seconda volta il Festival di Sanremo con il brano rock Mistero. Ad esso fa seguito l'album La giostra della memoria. Sempre nel 1993 partecipa all'Eurofestival.
Nel 1994 viene pubblicato l'album Oggetti smarriti, nel 1996 l’album concept Fango e stelle e nel 1997 incide Domani è un altro giorno.

Nel 1999 Enrico pubblica L'isola dei tesori, composto in prevalenza da alcuni brani più o meno famosi scritti in passato per altri interpreti e gruppi, spesso con la partecipazione degli stessi artisti e, nel 2000, L'uomo che vola. Il 2001 è l'anno delle reinterpretazioni in stile acoustic del doppio live La vie en Rouge. Nel 2002 partecipa con la ballata Primavera a Sarajevo al Festival di Sanremo: Andrea Mirò vi figura come autrice e direttrice d'orchestra. Nel 2003, in coppia con Andrea Mirò, è ancora a Sanremo con Nessuno tocchi Caino. Esce l'album Gli occhi del musicista.

Nel 2004 in Punk prima di te, reincide i sei ottavi del primo album dei Decibel insieme a cover di brani punk e rock anni settanta di David Bowie, LouReed, SexPistols, Ramones. Sempre nel 2004 edita il primo doppio DVD dal vivo, Ulisse, per la Sony Music. Nel 2005 pubblica Amore e guerra mentre l'anno successivo è la volta di Cuore, muscoli e cervello, triplo cofanetto anch'esso diviso tra materiale edito ed inedito. A Natale 2007 esce un disco di cover natalizie dal titolo Il regalo di Natale. È del 2008 il nuovo disco di inediti Rock Show. Il 30 gennaio 2009 esce All in. Tra i brani c'è anche Incontri (Dimmi quand'è) che ha dato vita al jingle pubblicitario dell'AmaroAverna. Nell'aprile 2009 partecipa all'incisione del brano Domani 21.04.09 i cui proventi saranno devoluti alle popolazioni colpite dal terremoto dell'Aquila. Sempre nel 2009 canta nell'album di Claudio Baglioni Q.P.G.A. nel brano Lungo il viaggio. Nel febbraio 2010 partecipa al Festival di Sanremo, con il brano La notte delle fate. Contemporaneamente incide il suo nuovo album, intitolato La ruota.
All'attività di musicista e interprete, Ruggeri affianca occasionali attività di scrittore di racconti e poesie: nel 1989 pubblica La giostra (Forte Editore), nel 1994 Per pudore (Carte Segrete), nel 1998 Racconti e poesie (Stampa Alternativa), nel 2000 Piccoli Mostri (Feltrinelli), 2007 Quante volte avrei voluto (Rizzoli), 2010 Alieni: un mistero fra noi (Rizzoli).

Ha condotto su Italia1: nel 2006 la trasmissione Il Bivio, durata oltre un anno e riproposta nel 2007  e 2008; nel 2008 il programma televisivo, Quello che le donne non dicono, e nell’estate del 2009 la trasmissione Mistero, e nello stesso anno realizza per History Channel  il documentario Le 7 vite del rock.

Fa parte della Nazionale Italiana Cantanti della quale è stato anche Presidente.